Las situaciones que ocurren en cada episodio tienden a ser desde épicas y oscuras hasta ser divertidas. La mayoría de las escenas donde hay presente un combate hacen memoria de las películas de samuráis, la diferencia radica en que la serie evitó ser censurada por violencia debido a que los enemigos de Jack, que generalmente son robots o alienígenas, "sangran" aceite o sustancias viscosas.
La serie se emitio en por un momento por stream a través del sitio de Toonami Jetstream hasta su cancelación, en algunos paises de latinoamerica se emite por tooncast. A pesar de que al final de la serie el objetivo de Jack quedó inconcluso, en septiembre de 2006 Genndy Tartakovsky anunció que concluirá la historia del samurái a través de una película animada. Recientemente el estudio de animación Frederator Films anunció que uno de sus tres primeros proyectos es una adaptación cinematográfica de la serie que será escrita y dirigida por el propio Tartakovsky.
Hace mucho tiempo, en un país lejano, yo, Aku, el señor de las tinieblas, el de las mil formas, desaté una endecible maldad. Mas un insensato guerrero samurái, forjó una espada mágica y salió a enfrentarse conmigo. Pero antes de recibir el golpe final, abrí una puerta en el tiempo y le envié al futuro, donde mi maldad es la ley. Y ahora, ese loco intenta regresar al pasado, para deshacer el futuro de... ¡Aku! (Versión española)
Con este monólogo es como comienza cada episodio de Samurai Jack, que cuenta la historia de un joven príncipe, cuyo nombre no se revela, del Oriente medieval. El imperio del emperador, su padre; fue destruido por Aku, un demonio que cayó en la Tierra después de ser derrotado en los cielos a manos de Ra, Odín y Shivá. Jack escapa de la destrucción del imperio y entrena su cuerpo por años, en variados lugares y con variadas culturas, hasta que alcanza la adultez. Tomando la katana mágica perteneciente a su padre, desafía a Aku a un duelo, estando a punto de derrotarlo. Es entonces cuando Aku abre un portal en un futuro distante y envía a su oponente a él, anticipando que sería capaz de acumular suficiente poder para cuando se vuelva a enfrentar con el samurái.
El protagonista llega a una Tierra futurista y hostil, dominada por Aku y llena de robots que son secuaces de él. Al llegar al futuro, entabla combate con unos criminales usando sus tecnicas samurai, y al verlo, unos locales sueltan expresiones de "fantastico Jack", "eso fue genial Jack", "bien hecho Jack", por lo que más adelante, cuando le preguntan por su nombre, responde: "me dicen Jack" (aunque su verdadero nombre nunca es revelado, como tampoco el porqué de esto). Jack busca una forma de viajar en el tiempo, donde espera sentirse capaz de detener a Aku antes de que Aku tome el control de la Tierra. La serie trata del largo camino que debe realizar Jack para encontrar un portal en el tiempo, siendo amenazado constantemente por Aku y sus secuaces.
La serie muestra una moral poco común del personaje, siempre ayuda al pobre y al desprotegido en su recorrido, e incluso a veces dejando pasar oportunidades para derrotar a Aku para salvar o ayudar a una o varias personas. Su honor lo previene de dejar atrás a quienes lo necesitan, siendo Jack el que está dispuesto a enfrentarse o sufrir el dolor para ayudar a quienes lo necesitan, importe o no en el contexto de la relación entre el tiempo y el espacio.